Za vrijeme prvog mandata Komšića, Milanović kao predsjednik SDP-a RH je savjetovao Komšića da se kao hrvatski član Predsjedništva BiH otvoreno založi za Hrvate u BiH i da je to historijska šansa da se unutar hrvatskog naroda u BiH napravi otklon prema HDZ-u i nacionalizmu iz devedesetih.

Milanović je predlagao Komšiću da kao lider opozicije u Hrvatskoj i predsjednik SDP-a RH bude sa Komšićem na terenu u općinama gdje većinski žive Hrvati i da se zajedno založe za boljitak Hrvata u BiH. Komšić je tu pruženu ruku Milanovića odbio i Milanović je kasnije odbio bilo kakav vid saradnje sa Komšićem nakon preuzimanja Vlade RH 2011. godine.

"Bio sam nekada jaran Komšića. Ja sam to bio, ljudima pristupam naivno. Kad sam vidio da je džepar i lopov, doviđenja", rekao je Milanović.