Srpski članovi Predsjedništva Biljana Plavšić i Nikola Koljević daju ostavku nakon priznanja BiH od strane EZ, a Predsjedništvo tu ostavku usvaja na svojoj 66. sjednici održanoj 9.4.1992. godine. Na istoj sjednici Predsjedništvo donosi odluku o imenovanju kandidata Stranke demokratske akcije dr. Ismeta Dautbegovića za predsjednika Ustavnoga suda Bosne i Hercegovine.6

Predsjedništvo tada ima samo pet članova. U takvom sastavu 25.5.1992., smjenjuje pukovnika Hasana Efendića a zapovjednikom ŠTO imenuje Sefera Halilovića. Predsjedništvo 17.6.1992. kooptira za svoje članove Nenada Kecmanovića (nezavisni) i Mirka Pejanovića (Srbin, SGV), dva pripadnika srpskoga naroda koji nisu dobili potporu srpskoga naroda na izborima. Predsjednik Skupštine BiH Momčilo Krajišnik razriješen je dužnosti 14.9.1992., tako da u ratnim uvjetima rada PR BiH nije sudjelovao ni predsjednik Skupštine BiH.

Nakon proglašenja neovisnosti Srpske Republike Bosne i Hercegovine (7. travnja 1992.) i ostavke Biljane Plavšić i Nikole Koljevića Srbi nisu više imali predstavnike u ratnome Predsjedništvu RBiH. Predsjedništvo je na ta dva mjesta u nekoliko navrata kooptiralo pripadnike srpskoga naroda. Nenad Kecmanović bio je svjestan te razlike, pa time i svojega utjecaja u Predsjedništvu.7

Kooptirani pripadnici srpskoga naroda bili su bez realne političku težine i utjecaja. Sa stajališta muslimanske politike uloga pripadnika srpskoga naroda u Predsjedništvu bila je dvojaka: prema međunarodnim predstavnicima legitimirati Predsjedništvo kao višenacionalno, preciznije delegitimirati Karadžića i njegovu politiku kao agresorsku; s druge strane, srpski članovi Predsjedništva bili su zagovornici unitarne BiH te su Izetbegoviću služili za odbacivanje zahtjeva MZ i hrvatskih predstavnika koji su prihvaćali međunarodne mirovne sporazume, jer su svi bez iznimke jamčili konstitutivnost i nacionalnu ravnopravnost tri naroda u BiH.

Šest mjeseci od proglašenja ratnoga stanja Predsjedništvo BiH radilo je u sljedećem sastavu: Alija Izetbegović (SDA), Fikret Abdić (SDA), Ejup Ganić (SDA), Franjo Boras (HDZ BiH), Stjepan Kljujić (HDZ BiH), Nenad Kecmanović (Srbin, Stranka reformista BiH), Mirko Pejanović (Srbin, SGV), Mariofil Ljubić (HDZ BIH, potpredsjednik Skupštine R BiH), Jure Pelivan (HDZ BiH, predsjednik Vlade BiH), pukovnik Sefer Halilović (SDA).8

(Miroslav Tuđman, Predsjedništvo R BiH (1992.-1994.): institucija principijelne podvojenosti)

N. Kecmanović je formalno razriješen dužnosti člana Predjesjedništva početkom 1993. godine. Međutim, Kecmanović se već u srpnju 1992. nalazi u Beogradu na liječenju, o čemu je izvijestio Predsjedništvo koje moli da omogući njegovoj obitelji izlazak iz Sarajeva posredovanjem kod UNPROFOR-a. Predsjedništvo je na 149. sjednici, 28. srpnja 1992., zaključilo: „da se Predsjedništvo može kompromitovati angažovanjem kod UNPROFOR-a ili na drugi način, ukoliko bi preuzelo obavezu da porodici gospodina Kecmanovića omogući odlazak iz Sarajeva“.15

Druga skupina promjena u Predsjedništvu uslijedila je koncem 1992. godine. Tada je već bio na dnevnome redu nacrt ustavnoga rješenja BiH, kojega su predložili Vance i Owen.16 Osim toga Izetbegoviću je isticao dvogodišnji mandat na mjestu predsjednika PR BiH i po Ustavu više nije mogao obnašati tu dužnosti. HDZ je tražio da se iz Predsjedništva povuče Stjepan Kljuić koji više nije bio ni predsjednik ni član HDZ-a. Predsjedništvo je usvojilo ostavku Stjepana Kljuića 10. studenoga 1992. Predsjednik Vlade Jure Pelivan (HDZ) podnosi ostavku 10. studenoga 1992., a na njegovo mjesto imenovan je Mile Akmadžić.

Pod konac godine, 24.12.1992., Predsjedništvo donosi Uredbu sa zakonskom snagom o izboru i opozivu članova PR BiH,21 kojom može kooptirati za članove PR BiH i osobe koje nisu bile na izborima kandidati za Predsjedništvo:

ČAMPARA: … Prema tome stvar je Predsjedništva koga će birati za člana Predsjedništva i po kojoj liniji. Da li onog koji je bio na listi ili nekog iz reda gradjana. To je ova odredba. I to samo mu mandat traje dok traje rat.22

Koncem 1992. godine članovi su Predsjedništva RBiH: Alija Izetbegović (SDA), Fikret Abdić (SDA), Ejup Ganić (SDA), Franjo Boras (HDZ BiH), Miro Lasić (HDZ BiH), Nenad Kecmanović (Srbin, Stranka reformista BiH), Mirko Pejanović (Srbin, SGV), Mariofil Ljubić (HDZ BiH, potpredsjednik Skupštine R BiH), Mile Akmadžić (HDZ BiH, predsjednik Vlade BiH), pukovnik Sefer Halilović (SDA).23

No, već početkom 1993. godine počinje treća skupina promjena u Predsjedništvu RBiH. Predsjedništvo je imenovalo na dužnost predsjednika Skupštine BiH Miru Lazovića (Srbin, SDP BiH) koji po funkciji postaje član PR BiH. U ožujku 1993. smijenjen je član Predsjedništva prof. dr. Nenad Kecmanović a na njegovo mjesto imenovana je Tatjana Ljujić-Mijatović (Srpkinja, SDP BiH).

Predsjedništvo je 8. lipnja 1993., donosi odluku kojom je na čelu Armije BiH „komandant Glavnoga štaba Vrhovne komande ARBiH“, tako da je načelnika GŠ ARBIH Sefera Halilovića u PR BiH zamijenio general Rasim Delić.24

Izetbegović je bio prisiljen potpisati nekoliko sporazuma o zajedničkome zapovjedništvu Armije BiH i HVO-a pod pritiskom i supredsjedatelja Međunarodne konferencije o bivšoj Jugoslaviji (MKBJ) lorda Owena i Cyrusa Vance, te službenoga Zagreba, koji je omogućavao snabdijevanje ne samo Armije BiH nego i spašavao pučanstvo BiH od humanitarne katastrofe. Imenovanje generala Rasima Delića članom Predsjedništva BiH bez suglasnosti hrvatskih članova Predsjedništva, samo je potvrda kako Izetbegović nikada nije htio pristati na zajedničko zapovjedništvo. Hrvatski članovi Predsjedništva nisu pristali da zapovjednik Armije BiH general Delić bude član Predsjedništva ako nije član i zapovjednik HVO general Petkovića. Izetbegovićevev je odgovor bio: „Delić je član Predsjedništva dok se ne dokaže suprotno“; što je prava je mjera pravne i političke osionosti Izetbegovićevih odluka te neuvažavanja predstavnika hrvatskoga naroda u Predsjedništvu.

Da muslimanska većina u Predsjedništvu nije prihvaćala načelo da je Predsjedništvo R BiH tijelo tri konstitutivna naroda BiH dobro ilustrira napad većine članova Predsjedništva na predsjednika Vlade BiH Milu Akmadžića radi izdaje, jer na pregovorima nije zastupao muslimanske stavove o unitarnoj BiH te da treba izglasati nepovjerenje Vladi:

Muhamed Filipović: On nije predsjednik naše Vlade. To je političko pitanje sudbine BiH. Oprostite. Mi zaobilazimo pitanja. Mi nemamo predsjednika Vlade. Nama su udarili nož u ledja i moramo to priznati. I ko neće to da prizna, neka se legitimira zbog čega ne priznaje to da nam je predsjednik Vlade udario u Ženevi nož u ledja. Oprostite. Naša pozicija se srušila tamo. Mi smo gradili tri i po mjeseca poziciju on je srušio onog momenta kad je došao i izjavio da ne priznaje da postoji jedinstvena i zajednička delegacija BiH. A predsjednik je Vlade BiH. On je delegitimirao nas. To je nedopustivo, to je apsolutno nedopustivo u bilo kojim uvjetima političkim. Da je najveći diktat na nama. Šta to znači? Oprostite, šta to znači da predsjednik jedne Vlade dezavuira svoju državu, svoju državnu delegaciju i to ostane bez odgovora. Jel su oni gluhi i nijemi, je li oni ne znaju, ne razumiju šta se radi i o čemu se radi. Oni su odlično očitali stvar da smo mi ljudi koji smo bespomoćni i osudjeni na to da nam Boban i Karadžić diktiraju situaciju. Sve ovo što se zbilo je rezultat toga. Oprostite. Hrvatska karta je naša bila šuplja karta. To je moje uvjerenje i ako mi odavde odemo a ne relegiramo tog Akmadžića i ne izaberemo jednu Vladu koja će predstavljati demokratsku BiH, mi nikakve šanse nemamo u Njujorku….

Četvrta skupina promjena provedena je u listopadu 1993.. Alija Izetbegović 20. listopada 1993. potpisuje Odluku o opozivu dužnosti članova Predsjedništva Franje Borasa (Hrvat, HDZ BiH) i Mire Lasića (Hrvat, HDZ BiH),31 te Fikreta Abdića (Musliman, SDA), a nedugo nakon toga na njihova mjesta imenuje Stjepana Kljuića (Hrvat, nezavisni), Ivu Komšića (Hrvat, SDP BiH, HSS BiH) te Nijaza Durakovića, Musliman, SDP (BiH). Istovremeno Haris Silajdžić (Musliman SDA) postaje član Predsjedništva jer je imenovan za predsjednika Vlade BiH).

Ovim izmjena u Predsjedništvu nema više ni predstavnika hrvatskoga naroda, nego samo pripadnika hrvatskoga naroda. Četvrta skupina promjena dogodila se u vrijeme kada je MZ zajednica predložila Owen-Stoltenbergov mirovni plan, tj. ustavno uređenje za BiH kao unije triju republika. Armija BiH već je mjesecima etnički čistila prostor Srednje Bosne od Hrvata, i vodila rat protiv HVO-a. Izetbegović je želio osigurati što veći prostor za muslimansku republiku.

Od početka studenog 1993. ratno Predsjedništvo RBIH radi u sastavu Alija Izetbegović (Musliman, SDA), Ejup Ganić (Musliman, SDA), Nijaz Duraković (Musliman, SDP BiH), Stjepan Kljujić (Hrvat, nezavisni), Ivo Komšić (Hrvat, SDP BiH/HSS BiH), Mirko Pejanović (Srbin, SGV), Tatjana Mijatović-Ljujić (Srpkinja, SDP BiH), Miro Lazović (Srbin, SDP BiH, predsjednik Skupštine R BiH), Haris Silajdžić (Musliman, SDA, predsjednik Vlade BiH), general Rasim Delić (SDA). Generalni sekretar bio je Zdravko Đuričić (Srbin, SDP BiH).

Koncem 1993. u Predsjedništvu R BiH bilo je 5 članova predratnog CK SK BiH (s tadašnjim predsjednikom CK SK Nijazom Durakovićem i potpredsjednikom Ivom Komšićem);32 četiri člana najveće muslimanske stranke i ni jedan član iz najveće hrvatske, odnosno srpske stranke. Od prvoga, demokratski izabranoga sastava Predsjedništva, koncem 1993. ostali su samo Alija Izetbegović i Ejup Ganić, te povratnik u Predsjedništvo voljom Alije Izetbegovića Stjepan Kljujić.33

Aliji je Izetbegoviću 20. prosinca 1992. istekla druga godina mandata na mjestu predsjednika PR BiH. Budući da je po Ustavu mogao obnašati funkciju predsjednika samo dvije godine hrvatski članovi Predsjedništva pokušali su u dva navrata (u ožujku i kolovozu 1993.) smijeniti Aliju Izetbegovića. Iako su za takvu inicijativu imali prethodni dogovor s Tatjanom Ljuić-Mijatović i Mirkom Pejanovićem, potpora članova Predsjedništva iz srpskoga naroda je izostala na sjednicama Predsjedništva.35

Na sjednici Predsjedništva Republike Bosne i Hercegovine, 26. studenoga 1993 . godine, sudjelovali su ne samo članovi nego i predstavnici političkih stranaka. Prva je točka dnevnoga reda bila izbor delegacije i priprema za pregovore na Ženevskoj konferenciji. Predsjedništvo je bilo pred odlukom hoće li nastaviti pregovore o Owen Stoltenbergovu mirovnu planu ustavnoga uređenja o uniji triju republika. Predstavnika srpskoga i hrvatskoga naroda u Predsjedništvu više nije bilo; bili su samo imenovani pripadnici srpskoga i hrvatskoga naroda