Uspostavom Nezavisne Države Hrvatske radio je kao upravni činovnik u Tuzli i Banja Luci. Svima je pomagao, bio je posebno angažiran u brizi za izbjeglice iz istočne Bosne. Štitio je progonjene, pa su ga u Banja Luci prozvali „srpskom majkom“. Kada je 1941. godine došlo do teških zločina u Banja Luci, otvoreno se suprotstavio počiniteljima zla, da bi bio prisiljen pobjeći iz grada pod prijetnjom da će i sam biti ubijen.

Pri koncu rata povlači se s tisućama hrvatskih izbjeglica i proživljava tragediju Bleiburga. Nakon kratkog boravka u inozemstvu vraćen je natrag u domovinu. Bio je svjestan da mu se ne bi smjelo ništa dogoditi jer nikomu nije nanio nikakva zla. Međutim, za komunistički režim to nije ništa značilo. Uhićen je i izveden pred sud.

Pred komunističkim se sudom mirno i odvažno branio, ističući da mu se ni jedan zločin ne može staviti na teret. Čak su i brojni Srbi stupili u njegovu obranu i sakupili potpise za njegovo oslobođenje. za vrijeme rata u Banjoj Luci pomagao i od divljih elemenata u ustaškom pokretu spasio mnoge ljude, osobito Srbe. Zbog toga su, u poratno vrijeme kada je to bilo opasno po život, prikupljeni potpisi čak 850 pravoslavnih obitelji koje su tražile njegovo oslobađanje. Za komuniste je Niedzielski bio samo i isključivo „duhovni ideolog krvavog ustaškog pokreta” te „čovjek koji je svoje križare duhovno pripremao za krvave ustaške zločine”, te su zahtjevi srpskih obitelji bačeni u smeće.

Ipak je osuđen na smrt. Jednog zimskog dana, 20. veljače 1947. godine, rano u zoru streljan je u Banja Luci. Do smrti je sa sobom imao molitvenik „Nasljeduj Krista“, krunicu, a u molitveniku fotografiju svoje majke Karoline na odru. Neki stariji Banjolučani možda se sjećaju gdje bi se moglo nalaziti stratište na kojem je ubijen, no u strahu će teško to priznati. Po predaji dogodilo se to na mjestu gdje je kasnije izgrađeno naselje Borik i dječja igrališta, u blizini sadašnjeg nogometnog stadiona. Tako mu do dana današnjeg grob ničim nije obilježen, te je nad njim danas izgrađeno igralište za mladež.